Le Centre National de Recherche et de Formation sur le Paludisme (CNRFP) a démarré ses activités en 1983 avec un projet communautaire de «lutte contre le paludisme dans la ville de Ouagadougou». A partir de 1986, il a été créé un Centre de lutte contre le paludisme, devenu un centre de référence dans le domaine de la paludologie. En 1993, avec son rattachement à la Direction Générale de la Santé publique (D.G.S.P.), le centre de lutte contre le paludisme devient Centre National de Lutte contre le Paludisme (C.N.L.P.).  En avril 1998, à l’issue des journées de réflexion, le C.N.L.P. a connu une réorientation de ses attributions, puis, a été érigé par arrêté ministériel en Centre National de Recherche et de Formation sur le Paludisme (C.N.R.F.P.). Le volet lutte ayant été confié au Programme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP) créé en 1995 et placé sous la Direction de la Médecine Préventive (DMP). Dès lors, le CNRFP s'est spécialisé dans le développement des outils de contrôle et d'orientation de la lutte contre le paludisme. Il est également un centre de référence en matière de formation sur le paludisme. Quant au PNLP, il s'est spécialisé dans la prévention et la lutte contre le Paludisme. Les deux structures entretiennent une bonne collaboration. Le CNRFP est représenté dans le comité de pilotage et dans les comités thématiques du PNLP. La philosophie de cette collaboration veut que le CNRFP développe les outils de contrôle et d'orientation de la lutte contre le paludisme au profit PNLP qui les utilisera dans ses activités de lutte. D'ou l'étroite collaboration qui existe entre les deux institutions.